یک تحقیق ناموفق در مورد مواد شیمیایی، لاک‌پشت‌های یقه‌اسکی معمولی را به لاک‌پشت‌های یقه‌اسکی تبدیل می‌کند که می‌توانند مانند انسان‌ها راه بروند و صحبت کنند. چهار لاک‌پشت یقه‌اسکی که توسط یک استاد کونگ فو آموزش دیده و بزرگ می‌شوند، بالغ شده و به نینجاهای مخفی تبدیل می‌شوند که برای حفظ عدالت و صلح در دنیای زیرزمینی کلان‌شهر نیویورک تلاش می‌کنند. با حمایت یک خبرنگار زیبا و نابالغ به نام آپِر اونیل، پنج نفر به طور اتفاقی راهی سفری به سوی نیروی تاریکی می‌شوند.