با در نظر گرفتن نقطه توپوگرافی بین «لیلو و استیچ» اصلی و «استیچ: فیلم»، «لیلو و استیچ ۲» این موجود فرازمینی پر سر و صدا را در حال عادت کردن به زندگی با اوهانای جدیدش می‌یابد. با این حال، به زودی اختلالی در فعالیت خلاقانه نهایی دکتر جومبا ظاهر می‌شود که برنامه‌ریزی مخرب او را دوباره برقرار می‌کند و هم رابطه دوستانه‌اش با لیلو را از بین می‌برد و هم او را برای همیشه از بین می‌برد!