پس از بازگشت به دنیا، فضانوردان متوجه می‌شوند که سازمانشان توسط نیرویی نابود شده است. و کاپیتان سابق سفینه فضایی توسط یک موجود فضایی به قتل رسیده است. پیش از مرگ دردناکش، کرک و سفینه فضایی بی‌نهایت و خدمه آن سفر جدیدی را آغاز می‌کنند تا کسی را که کاپیتان سابق را کشته است، ردیابی کنند. اما آنها یک راز وحشتناک را کشف می‌کنند و متوجه می‌شوند آنچه می‌بینند، حقیقتی نیست که قبلاً می‌دانستند.