گروهی از دانشمندان پوکمون خدای من را جمع‌آوری می‌کنند تا مجموعه‌ای جدید با قدرت برتر بسازند. آن‌ها موفق می‌شوند اولین هم‌سن‌های میوتو، یک پوکمون متفکر و بالقوه وحشتناک را بسازند. پس از نابودی تمام کسانی که او را ساخته‌اند، میوتو دیوانه‌وار به مبارزه با پوکمون‌ها و مقابله با قدرتمندترین مربی جهان می‌پردازد. آن‌ها که راضی نیستند، قصد دارند کل جهان را نابود کنند. آیا اش و رفیقش می‌توانند از این فاجعه جلوگیری کنند؟