سونیک، شمشیرهای بادی و لباس مبدل دوباره علیه یک آنتاگونیست قدرتمند جدید به نام شدو، یک رذل مرموز با قدرتی متفاوت از هر چیزی که قبلاً با آن روبرو شده‌اند، متحد می‌شوند. با توانایی‌های بی‌نظیرشان، جوخه سونیک باید به دنبال یک کنفدراسیون غیرممکن باشد به امید اینکه شدو را متوقف کند و از سیاره بزرگ محافظت کند.