پس از طوفان سهمگین مواد مغذی سیاه در فیلم اول، فلینت و دوستش مجبور می‌شوند به شهر بروند. فلینت دعوت چستر پنجم، تصویر حک شده‌اش، را برای پیوستن به شرکت «زنده» می‌پذیرد، شرکتی که وظیفه‌اش پاکسازی جزیره است، جایی که بهترین مخترعان جهان فناوری‌هایی را برای بهبود جهان خلق می‌کنند. وقتی فلینت متوجه می‌شود که دستگاهش هنوز کار می‌کند و اکنون موجودات جهش‌یافته‌ای مانند ترشی حیات و تاکودیل‌های گرسنه می‌سازد، او و دوستش باید برای نجات جهان بازگردند.