این فیلم دنباله‌ای بر اولین فیلم پدینگتون در سال ۲۰۱۴ است و در آن پدینگتون با خوشحالی در خانه‌ی قهوه‌ای‌ها در باغ ویندزور ساکن می‌شود، جایی که او به عنوان یکی از اعضای محبوب جامعه شناخته می‌شود و هر جا که سفر می‌کند شادی و مربا پخش می‌کند. پدینگتون در حالی که به دنبال هدیه‌ای مناسب برای تولد صدمین سالگرد عمه‌ی عزیزم لوسی است، در فروشگاه عتیقه‌جات آقای گروبر، یک کتاب کوچک و جذاب پیدا می‌کند و برای خرید آن دست به کارهای عجیب و غریبی می‌زند. اما وقتی کتاب دزدیده می‌شود، این وظیفه پدینگتون و قهوه‌ای است که دزد را پیدا کنند...